Trong những năm qua, Bảo tàng Lịch sử - Văn hóa đã tiến hành nhiều hoạt động sưu tầm hiện vật trong phạm vi cả nước, xây dựng được những sưu tập hiện vật có giá trị như Sưu tập công cụ thời kỳ Đá cũ ở Tây Nguyên - Đông Nam Bộ, Sưu tập công cụ lao động bằng đá thời kỳ Kim khí thuộc Văn hóa Đồng Nai, Sưu tập mảnh gốm thời kỳ Kim khí (Văn hóa Đồng Nai) và Lịch sử (Văn hóa Óc Eo - hậu Óc Eo) ,…